มหาวิทยาลัยจัดระบบการศึกษา เป็น 2 ภาคการศึกษาปกติ และ 1 ภาคการศึกษาพิเศษ ดังนี้

   ภาคการศึกษาที่ 1 เริ่มตั้งแต่ เดือนมกราคม จนถึง เดือนพฤษภาคม

  ภาคการศึกษาที่ 2 เริ่มตั้งแต่ เดือนมิถุนายน จนถึง เดือนสิงหาคม

  ภาคการศึกษาที่ 3 เริ่มตั้งแต่ เดือนกันยายน  จนถึงเดือนธันวาคม

  เป็นการเรียนแบบรายวิชา วิชาละ 5 หน่วยกิต ซึ่งนักศึกษาจะต้องศึกษาความรู้จากตำราเรียนควบคู่ไปกับการปฏิบัติ (ทำกิจกรรมที่แต่ละชุดวิชาได้กำหนดไว้)

มหาวิทยาลัยธรรมกาย แคลิฟอร์เนีย จัดระบบการศึกษาในแนวกว้าง แบ่งเป็น 3 หลักสูตร คือ

  1. หลักสูตรสัมฤทธิบัตร สามารถเลือกเรียนได้ตามความสมัครใจ (รับสัมฤทธิบัตรเป็นรายวิชา)

  2.  หลักสูตรประกาศนียบัตร 1 ปี ผู้ศึกษาต้องศึกษาหมวดรายวิชาบังคับ 8 รายวิชา (ผู้ที่มีวุฒิการศึกษาไม่ถึงชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย เมื่อสำเร็จการศึกษาหลักสูตรประกาศนียบัตร สามารถศึกษาต่อในหลักสูตรปริญญาตรี 4 ปี ของมหาวิทยาลัยได้)

  3.  หลักสูตรปริญญาตรี ผู้ศึกษาต้องศึกษาหมวดวิชาบังคับ 26 รายวิชา หมวดวิชาเลือก 2 รายวิชา รวม 28 ชุดวิชา